tidak terlepas dari kepentingan pembinan sejak awal. Masuk ke sekolah berasrama pada saat SMA tentu bagi sebagian besar peserta didik memerlukan adaptasi yang tidak mudah. Selain itu, dari segi pembinaan para pendidik juga dihadapkan pada tantangan karena beragamnya karakter peserta didik dari berbagai daerah tingkat II se Kaltim.
Berdasarkan evaluasi terhadap keberjalanan SMAN 10 "Melati" yang berhasil mencetak siswa unggul, disimpulkan bahwa pendidikan mental, moral dan akademis sudah berjalan secara optimal. Namun, masih perlu adanya penunjang struktural untuk lebih memantapkan hasil-hasil yang ada
Berdasarkan pengamatan yang ada maka pendidikan selama tiga tahun di SMA belum menjadi fondasi yang cukup bagi anak didik untuk memunyai mentalitas serta moralitas yang diharapkan. Walaupun setiap hari ditanamkan pendidikan imtak, tampaknya sulit mencapai ketaatan yang keluar dari hati nurani peserta didik. Faktor penyebab utama adalah usia siswa yang di SMA agak terlambat untuk mendapatkan bimbingan mental dan moral. Juga waktu tiga tahun belum cukup membina mental dan moral yang tangguh.
Dari hasil evaluasi tersebut maka Pengurus Yayasan Melati mengambil langkah pendirian SMP Plus Melati. SMP Plus Melati didirikan pada tanggal 6 Maret 2006 sesuai dengan Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kota Samarinda Nomor: 421/068/DP.IVB/03/2006 Tentang Izin Pendirian Sekolah Swasta SMP Plus Samarinda. Pendirian SMP Plus Melati ini merupakan jawaban atas perlunya penunjang struktural seperti yang diuraikan tadi.
Dengan dibukanya SMP tersebut maka siswa menjadi lebih dini bersentuhan dengan bimbingan mental dan moral serta masa bimbingan menjadi bertambah tiga tahun. Dengan demikian, ada masa bagi Yayasan Melati untuk melakukan bimbingan selama enam tahun ini untuk membangun fondasi karakter pada peserta didik.
SMP Plus Melati mulai menerima siswa pada tahun ajaran 2006/2007. Lulusan SMP Plus Melati diharapkan kemudian siap memasuki berbagai SMA Unggulan, termasuk SMAN 10 "Melati". Kepala sekolah yang pertama memimpin SMP Plus Melati adalah Drs. Hidayat. Kini SMP Plus Melati dipimpin oleh Bapak Dian Arif Noor Pratama, M.Pd .